O setor de Fitopatologia busca desenvolver e validar tecnologias para manejo e controle de doenças nas mais diferentes culturas, com destaque para soja, milho, trigo, aveia e cevada. As pesquisas têm como foco aliar eficiência e viabilidade econômica de forma sustentável.
A cada safra, novas soluções são apresentadas aos produtores cooperados com destaque para a eficiência agronômica de fungicidas, momentos de aplicação, estratégias para o manejo integrado, dentre outras. Além disso, o setor realiza a prestação de serviços de diagnose de doenças de plantas, análise sanitária de sementes e protocolos de validação de produtos comerciais.